La città di Chiusi è sede di due importanti catacombe cristiane. Si tratta di una vera e propria particolarità che, in Toscana e, più in generale, nel territorio nazionale a nord di Roma, è condivisa solo con l’isola di Pianosa. In base all’articolo 33 dei Patti Lateranensi, tutte le catacombe presenti sul territorio italiano sono nella «disponibilità» della Santa Sede, che ha «l’onere della custodia, della manutenzione e della conservazione». Questo compito è svolto dalla Pontificia Commissione di Archeologia Sacra.
Il vero cimitero della comunità cristiana della antica Clusium è rappresentato dalle catacombe di S. Mustiola, dove fu sepolta, in epoca imprecisata, l’omonima martire e dove nacque una basilica, situata nel sopraterra e distrutta nel 1784. La catacomba, tornata in luce fortuitamente nel 1634 durante i lavori per la costruzione di un pozzo, presenta un discreto sviluppo, articolato intorno a due gallerie principali molto ricche di materiale epigrafico. L’ingresso principale conduce a una basilichetta che conserva ancora oggi il fascino delle prime celebrazioni cristiane. Tra le iscrizioni più significative ricordiamo quelle di Lucius Petronius Dexter, vescovo morto nell’anno 322 d.C., di Sentius Respectus esorcista e del bambino Aurelius Melitius. L’utilizzo di questo luogo di sepoltura sembra coprire un arco cronologico che dalla seconda metà del III procede fino agli inizi del V secolo d.C.
L’altra catacomba prende il nome da una cappella dedicata a Santa Caterina delle Ruote ed è situata a 1,5 km circa dal centro storico, lungo un antico tracciato che collegava la città con il bacino del Clanis su cui doveva essere ubicato un porto fluviale. Scoperta ufficialmente nel 1847, ma visitata già in precedenza, presenta l’interessante caratteristica di ‘cimitero misto’, nel senso che alcune epigrafi mostrano tutti i caratteri di una professione di fede pagana, mentre altri testi denunciano una estrazione sicuramente cristiana. La catacomba, costituita da due nuclei cimiteriali, sembra nascere già nel III secolo d.C. e propone una tipologia sepolcrale assai simile a quella riscontrabile nelle catacombe romane, con arcosoli multipli, loculi e formae pavimentali.