Nella prima sezione espositiva del Museo sono presentati calchi di epigrafi, lucerne, frammenti ceramici e di vetro recuperati all’interno delle Catacombe di Santa Mustiola e Santa Caterina.
Un altro nucleo di reperti, prevalentemente ascrivibili alla prima metà dell’VIII secolo, comprende alcune tavole marmoree iscritte e frammenti lapidei, tra cui parti di un ciborio e del monumento funebre della martire Mustiola, provenienti dalla omonima basilica chiusina, completamente demolita nel 1784 al tempo del vescovo Giuseppe Pannilini.
I mosaici qui presentati sono quelli recuperati nella zona presbiterale di San Secondiano durante gli scavi condotti negli anni Settanta dalla allora Soprintendenza alle Antichità d’Etruria, che documentano la ristrutturazione effettuata a partire dall’età costantiniana di una domus romana verosimilmente appartenente alla famiglia dei Parthenii, su cui sarà impiantata la primitiva cattedrale chiusina.
Completano tale sezione alcuni materiali di età romana in deposito dallo Stato, tra cui si segnalano una urnetta cineraria di età augustea e frammenti di un grande sarcofago marmoreo con scene di battaglia contro i barbari, di notevole fattura, rinvenuto nel 1979 lungo il lato meridionale della Cattedrale e databile entro la prima metà del III secolo d.C.