L’organo, risalente agli inizi del XIX secolo, è collocato al di sopra del portone di ingresso, su un’ampia cantoria con pavimento in cotto e balaustra in pietra. La cassa, in abete di colore grigio chiaro, è addossata alla parete. La decorazione comprende fregi di copertura delle luci libere del prospetto con motivi floreali realizzati in latta traforata e dipinta, mentre la tenda di chiusura raffigura Santa Mustiola. Restaurato più volte nel tempo, lo strumento è opera dei pistoiesi Giosuè e Nicomede Agati, come recita l’iscrizione nel fondo della secreta, ad inchiostro direttamente su legno: Josue de Agatis Pistoriensis et Nicomedis Filius Fecerunt anno Domini 1814.