Salendo le scale che conducono al primo piano del museo, su un piano rialzato, a destra, sono esposti due Angeli reggicandelabro provenienti dalla Concattedrale di San Secondiano; l’iscrizione sul retro li ricorda intagliati nel 1789 dal fiorentino Tommaso Pagliazzi.
Al centro è esposto un trono eucaristico della prima metà del XIX secolo, già conservato in Palazzo vescovile. Una muta di candelieri bronzei con croce d’altare è da ascrivere al XVIII secolo. All’interno di una vetrina collocata a metà scalinata è esposta una croce astile in argento sbalzato, cesellato e parzialmente dorato dell’inizio del XVIII secolo, cui è affiancato un Crocifisso in legno di bosso del ‘600.
Un ricco paliotto fu donato dal granduca Pietro Leopoldo nel 1787 per l’altare maggiore del duomo: è in velluto di seta cremisi, ornato da galloni in filo d’oro e da un coevo medaglione centrale d’argento sbalzato con l’immagine della Vergine Immacolata. Sono invece aggiunte tardo ottocentesche i due ovali laterali che mostrano Santi Vescovi.
Le tele che sono state qui collocate, ascrivili ad ambito toscano e databili tra il XVII e il XIX secolo, presentano due ritratti granducali (Francesco Stefano di Lorena e Maria Teresa d’Austria), tre papali (Benedetto XIII, Benedetto XIV e Pio VII), uno cardinalizio (Silvio Valenti Gonzaga, Segretario di Stato di Benedetto XIV) e quattro episcopali. Questi ultimi sono pertinenti ad altrettanti vescovi della diocesi chiusina: Salvatore Pacini (1558-1581), Pio Magnoni (1736-1747), Giustino Bagnesi (1748-1774), Giuseppe Pannilini (1775-1823) e Giacinto Pippi (1824-1839).